Les micro-organismes comprennent à la fois les procaryotes (bactéries), hétérotrophes (consommateurs), autotrophes (producteurs primaires ou photosynthétiques) et mixotrophes (stratégie nutritionnelle mixte) et les eucaryotes microbiens.
وتضم الكائنات المجهرية متعددات التغذية (المستهلكة)، وذاتية التغذية (الكائنات الأولية المنتجة أو ذات التمثيل الضوئي النشيط) والمختلطة التغذية (استراتيجية التغذية المختلطة) وذوات النواةالطليعية (البكتريا) وذوات النواة الحقيقية الجرثومية.